एक्वापोनिक्स सिस्टम एक्वाकल्चर (मछली पालन) और हाइड्रोपोनिक्स (पौधों की मिट्टी रहित खेती) का संयोजन है जो मछली और पौधों को एक एकीकृत प्रणाली में एक साथ उगाता है। मछली का पानी और मल पौधों के लिए जैविक भोजन स्रोत प्रदान करते हैं, और पौधे स्वाभाविक रूप से मछली के पानी को फ़िल्टर करते हैं।
तीसरे प्रतिभागी सूक्ष्मजीव (नाइट्रिफाइंग बैक्टीरिया) हैं। ये बैक्टीरिया मछली के कचरे से अमोनिया को पहले नाइट्राइट में, और फिर नाइट्रेट में परिवर्तित करते हैं। नाइट्रेट नाइट्रोजन का वह रूप है जिसे पौधे ग्रहण कर सकते हैं और बढ़ने के लिए उपयोग कर सकते हैं। ठोस मछली मल वर्मीकम्पोस्ट में बदल जाता है जो पौधों के लिए भोजन के रूप में भी काम करता है। हाइड्रोपोनिक और एक्वाकल्चर दोनों प्रणालियों को मिलाकर, एक्वापोनिक्स उनके लाभों का लाभ उठाता है, और प्रत्येक की कमियों को दूर करता है।