Sistem akuaponik adalah kombinasi akuakultur (budidaya ikan) dan hidroponik (budidaya tanaman tanpa tanah) yang menumbuhkan ikan dan tanaman bersama dalam satu sistem terpadu. Air dan kotoran ikan menyediakan sumber makanan organik bagi tanaman, dan tanaman secara alami menyaring air untuk ikan.
Peserta ketiga adalah mikroba (bakteri nitrifikasi). Bakteri ini mengubah amonia dari limbah ikan terlebih dahulu menjadi nitrit, dan kemudian menjadi nitrat. Nitrat adalah bentuk nitrogen yang dapat diserap dan digunakan tanaman untuk tumbuh. Kotoran ikan padat diubah menjadi kompos cacing yang juga berfungsi sebagai makanan bagi tanaman. Dengan menggabungkan sistem hidroponik dan akuakultur, akuaponik memanfaatkan keunggulan keduanya, dan menghilangkan kekurangan masing-masing.