Аквапонная система — это сочетание аквакультуры (разведение рыбы) и гидропоники (выращивание растений без почвы), которое позволяет выращивать рыбу и растения вместе в одной интегрированной системе. Вода и отходы жизнедеятельности рыбы служат источником органических питательных веществ для растений, а растения естественным образом фильтруют воду для рыбы.
Третьими участниками являются микроорганизмы (нитрифицирующие бактерии). Эти бактерии преобразуют аммиак из отходов жизнедеятельности рыбы сначала в нитриты, а затем в нитраты. Нитраты — это форма азота, которую растения могут усваивать и использовать для роста. Твердые отходы жизнедеятельности рыбы превращаются в вермикомпост, который также служит пищей для растений. Объединяя гидропонные и аквакультурные системы, аквапоника использует их преимущества и устраняет недостатки каждой.