El sistema acuapónico es la combinación de acuicultura (recolección de peces) e hidroponía (el cultivo de plantas sin suelo) que cultiva peces y plantas juntos en un sistema integrado.El agua y las heces de los peces proporcionan alimento orgánico para las plantas, y las plantas filtran naturalmente el agua para los peces.
Los terceros participantes son los microbios (bacterias nitrificantes), que convierten el amoníaco de los desechos de los peces primero en nitritos y luego en nitratos.Los nitratos son la forma de nitrógeno que las plantas pueden absorber y utilizar para crecerLas heces sólidas de los peces se convierten en vermicompost que también actúa como alimento para las plantas. Al combinar ambos sistemas hidropónicos y acuícolas, la acuaponia capitaliza sus beneficios y elimina los inconvenientes de cada uno.