Akvaponik sistemi, bir bütünleşik sistemde birlikte balık ve bitki yetiştiren akvakültür (balık yetiştirme) ve hidroponik (bitkilerin toprağı olmayan büyümesi) kombinasyonudur.Balık suyu ve dışkı bitkiler için organik besin kaynağıdır., ve bitkiler doğal olarak balıklar için suyu filtre eder.
Üçüncü katılımcılar mikroplardır (nitrifikasyon bakterileri). Bu bakteriler balık atıklarından önce amonyakları nitritlere, sonra da nitratlara dönüştürür.Nitratlar bitkilerin emebileceği ve büyümek için kullanabileceği nitrojen türüdürKatı balık dışkısı, bitkiler için besin olarak da çalışan vermikomposta dönüştürülür. Hem hidroponik hem de akvakültür sistemlerini birleştirerek, akvaponik bunların faydalarından yararlanır ve her birinin dezavantajlarını ortadan kaldırır.